Все думают, что перед союзом «что» всегда ставится запятая. Но вот что мы вам скажем: русский язык не так-то прост. Делайте что хотите, а в правиле немало подводных камней.

...Все думают, что перед союзом «что» всегда ставится...

...Запятая в таком случае ставится в предложении только один раз, чаще всего перед сложным союзом. Запятая может стоять внутри сложного союза в следующих случаях. Перед союзом есть отрицание (частица не):  Я подружился с соседкой по парте не потому, что она давала мне списывать....

...Сложноподчинённое предложение...